1、年少时的托马斯(迪伦·奥布莱恩 饰)被母亲送给了一群陌生的人，托马斯含泪与母亲告别。而这只是成年托马斯的一场梦而已。他和伙伴们被带到了一个神秘的庇护所。在这里的管理人詹森带领他们在避难所中参观。

2、托马斯和朋友们在这里接受了很多的医疗测验。而托马斯也被叫出去与詹森单独谈话。詹森问托马斯与一个叫做WCKD的组织是什么关系。托马斯说自己曾是这个组织的一员，后来被送入了迷宫，他的伙伴很多都死掉了。

3、托马斯和伙伴们在餐厅会和，原来这里有很多人像他们一样是从迷宫中走出来到这里避难。詹森来到这里点名，将点到名字的人带走，有人说这些人很幸运，会被带到安全的地方。晚上，一个叫做阿里斯的男孩来找托马斯，并带着托马斯沿排气管道走，他们看到一个实验室，阿里斯说每天都会有人进入，但是没有人出来过。

4、第二天又有一批人被点名带走了，托马斯假装和看守人员起冲突顺手偷了他们的通行证。回到寝室，他和阿里斯又通过排气管爬出去，并进入了那间实验室，在这里他们发现很多人都被当成了实验对象，吊在实验室中。

5、这时候詹森带人来到实验室，他与佩吉博士进行了通话，两人似乎在商量着什么计划。托马斯回到寝室之后就要带着伙伴们离开，他说这里仍然属于WCKD组织。当詹森也来到寝室的时候发现托马斯已经带着伙伴们离开了。

6、托马斯一行人劫持着一位女医生去找同伴特丽莎。之后便带着特丽莎一起往外跑。在一座铁门之前，詹森赶来过来，詹森希望托马斯待在这里并且相信自己。而托马斯根本不听他的话，还是和朋友们一起逃出了这座秘密基地。

7、托马斯一行人逃到一座荒废的房子之中，托马斯告诉伙伴们他们从未从WCKD组织手中逃脱，并将自己看到的事情告诉了伙伴们。在这座破房子中他们发现有人住过，便在这里仔细搜寻，看是否能找到可以利用的东西。

8、在搜寻的时候，基诺不小心将这里的电源打开，灯一盏盏的亮了起来，没想到却出现了一群僵尸。这些僵尸不停的追逐基诺和托马斯。两人拼命的奔跑并找到其他伙伴一起往外面逃去。

9、托马斯和伙伴们终于摆脱了僵尸的追捕，他们疲惫的睡着了。第二天天亮以后却发现他们来到了一个陌生的地方，这是一座荒废的城市，没有人烟。只有天上飞过的飞机，这是来寻找他们的。

10、托马斯准备带着伙伴们到对面的山中去，但是受到僵尸攻击的温斯顿非常虚弱，其他人只好托着他走。在休息的时候特丽莎告诉托马斯，他们最好能回到基地去，她觉得事情不会那么简单。

11、温斯顿被病毒感染了，伙伴们没有办法便留下了一把枪给他，然后大家走开了，没过多久枪便响了。温斯顿的死让大家很伤心，但是所有人还是在往山中走去。终于他们到达了这里，发现了另外一个基地。

12、没想到还没有进入这里便遭到了连续的雷击，基诺被击中了，好在最后没什么事情。他们来到基地之中被一个就走布伦达女孩带到了一个叫做豪尔赫的男人面前。托马斯告诉豪尔赫他们在寻找对抗WCKD组织的一个叫做“右臂”的组织。

13、豪尔赫知道他们是来自WCKD组织的成员，便将他们倒着吊了起来，他问托马斯等人，知不知道“右臂”组织的情况，托马斯等人知道的也不多，所以豪尔赫继续将他们倒吊着。一群神秘人悄悄的来袭击这里，而托马斯等人也开始了自救。

14、来这里的神秘人是詹森带来找人的，豪尔赫准备带着布伦达和托马斯一行人逃走，他说自己可以带着托马斯一行人去找右臂组织。其他人都成功离开了，但是布伦达和托马斯却被詹森的人围追堵截，还没有跑出去。

15、基地中的炸弹被引爆了，而布伦达和托马斯则躲进了地下通道中。在这里布伦达告诉托马斯，豪尔赫准备拿他们去交换进入避难所的入场券，在那里不用受到病毒的侵害。他们在地下通道中走着，寻找出路。

16、在地下通道之中，他们遇到了一群怪物，这群怪物一直在追赶他们。两人开始逃跑，他们逃出地下通道来到废墟的城市之中，怪物一样追来了。在与怪物搏斗的时候布伦达还是被抓伤了。

17、在这座废墟的城市中居住着很多的避难者，他们来到城市A区想要找一个叫做马库斯的人。而他们也打听到其它的朋友们也在这里。所以两人喝了一些那里的人给的饮料便进入了俱乐部，但是托马斯立刻感到神志不清起来。

18、托马斯开始出现各种幻觉，最终他醒来的时候发现特丽莎在身边，其他伙伴们也在身边。而那个库克斯则被豪尔赫严刑拷打，让他说出右臂组织的下落。库克斯经不住严刑拷打，只能说了出来。

19、豪尔赫带着几个人开车去山中找右臂组织，在路上遇到了狙击手的设计，正在要反抗的时候有两个女孩走了出来。她们认识一行人中的阿里斯，原来这两个女孩是被右臂组织从迷宫中救出来的。她们带着托马斯等人找到了右臂组织的所在地。

20、豪尔赫一行人来到右臂组织的所在地见到了这里的领头人文森，但是这时候的布伦达已经感染病毒开始病发了，文森要开枪打死她，却被一个女医生制止了。这个医生人认识托马斯，她说WCKD组织是用他们作为免疫者来提取对抗这种病毒的药物，她也曾是这个组织的一员。

21、医生给布伦达注射一针后病毒被控制住了，布伦达醒过来后告诉托马斯，自己的弟弟是被WCKD组织抓走的，用来做提取药物。因为托马斯救了布伦达，所以豪尔赫对于他非常的感激。

22、托马斯去找特丽莎，特丽莎告诉他自己的母亲就是因为感染这种病毒而死的，她不能在看着其他人和自己又一样的遭遇。这时候WCKD组织的飞机前来了，托马斯知道这是特丽莎高密的。WCKD组织的人一来便和这里的人交火了。

23、这里的人很快就被控制了，托马斯看到朋友被抓住了便送走了豪尔赫和布伦达，自己主动走了出去。而这时候一辆飞行器落下，佩吉博士走了出来，大家也才知道原来特丽莎一直在暗中帮助WCKD组织抓捕他们。

24、佩吉博士告诉托马斯他们只不过是用更多的血去提炼解药，他们也是在救人。而托马斯不愿意在回到WCKD组织，便用炸弹威胁他们。正在这时豪尔赫和布伦达来救他们了，双方又是一场大战。WCKD组织成飞行器回去了。大战之后文森想重建右臂组织，但是托马斯想要去找杀了佩吉博士，阻止她再杀人。而其他伙伴们也愿意跟随他，新的计划即将诞生。