托马斯(迪伦·奥布莱恩 饰)被神秘的电梯送到一个地方，这里四周被高大的石头墙包围着，墙外有一群巨大的怪兽威胁着墙内人们的生命。最要命的是他发现自己失忆了，除了名字什么都记不得。墙内住着很多位男孩，他们都被困在了绵延不绝的迷宫森林当中。他们都是和他一样在这个迷宫中同样不记得自己是怎么到这里的孩子，每天早晨迷宫的大门会被打开，而到了晚上就会关闭。

每个月就会有一个新的男孩到来，但令人意外的是，在托马斯之后，来的却是个女孩，她带来了令人惊讶的讯息：只有托马斯才能带领大家走出迷宫。在托马斯的带领下，充分利用大家在迷宫中搜集到的信息，终于找到了出口，在出口的实验室处，大家发现了实验室人员的视频留言，终于搞明白他们所经历的是怎么一回事情，但是他们不清楚的是，实验远远没有结束，有更大的困难将会出现在他们面前。