电视剧《绝密使命》大结局是赖寿章(侯煜 饰)为了能帮同志们争取撤出的时间牺牲了，曹瑞瑛(贾宏伟 饰)深受打击一病不起，潘雨青(张桐 饰)和邹叔宝(应昊茗 饰)几人最终如愿以偿参加了红军，交通线全部被护卫的人员均安然无恙的到达苏区。

曹瑞瑛解析赖寿章街头打死余长庆(郭东海 饰)肯定是遇上了紧急状况，他迅速一声令下对应着余长庆出示的名单全面推行追捕。但是，赖寿章用性命为党组织的撤出争取了时间，马团长和黑子(周纪伟 饰)的查找一无所得。曹瑞瑛再一次被中国共产党的同志战胜，他最终不能再承受这种的挫折，精神错乱一病不起被送往上海市疗养几个月，一直到一九三四年九月才再一次主动要求重回潮汕地区。吕文超(施羽 饰)看见过来的曹瑞瑛已经是怅然出一头的白头发，他告知曹瑞瑛今天侦缉队就会有1次收网行动，他现已把握了潮汕地区大多数中国共产党的机密交通站，而首个要收拾的便是彭庚年(李易祥 饰)。吕文超和曹瑞瑛到了华富电料行，却已经是空无一人，彭庚年不仅留下来一杯热咖啡还留下来纸条挑剔吕文超，吕文超吃惊这又是有个人向共党走露了消息。潘雨青和邹叔宝几人最终如愿以偿参加了红军，在这三千多千米的交通线上，交通员们用自个的智慧、胆量和信仰顺利在上海党中央和中央苏区中间运送了大量的物品和秘密文件情报，为一次又一次反围剿战争的成功作出了很大的奉献。