为了阻止魔弹之射手制定的日本再启动计划，折原玛雅不惜牺牲了自己的生命，临死之前，玛雅说出了一个很大的秘密，她把“第三个皇帝”的真实身份告诉了藤丸和音弥，它就是破坏力最强、最恶毒的氢弹，通称“沙皇炸弹”，一旦这颗炸弹在东京引爆，那么后果实在不堪设想。藤丸和音弥很清楚，他们无论如何也要调查出结果，不仅仅为了死去的玛雅，也为了拯救很多人的生命。经过调查他们发现，一个叫做“教授”的男人掌握了“沙皇炸弹”，以及联络魔弹之射手的关键钥匙，他们按照玛雅留下的线索来到横滨一家店，向一位看起来像店主的男人请教，问他是否认识一个叫教授的人。一番调查询问之后，藤丸和音弥终于来到了教授的住处，他们利用教授家的电脑终于查出了“沙皇炸弹”的所在位置，藤丸马上联络加纳，告知他所查到的结果，于是THIRD-i的成员们火速赶往现场，确认集装箱中的东西究竟是不是“沙皇炸弹”。