元治元年六月，攘夷派志士聚集在京都的旅店池田屋中，密谈营救孝明天皇(阿部翔平 饰)的计划，不料却被突然闯入的新撰组诛杀，新撰组是授命于幕府、维护京城治安的浪人组织，这就是后来说的池田屋事件。龙马还亲眼目睹龟弥太被新撰组的人杀死，他本想追上去为朋友报仇，可是却被桂小五郎(谷原章介 饰)(谷原章介 饰)拦住了。桂带着龙马来到旅馆，说出现在幕府与萨摩相互勾结的真相，日本已经无法阻挡外敌侵略，不过他们也发誓一定要为新撰组杀死的同伴们报仇。而此时的土佐，以藏还在接受严刑拷打，他始终不肯说出杀死吉田东洋(田中泯 饰)的凶手，武士半平太距离以藏的牢房不远，他听到以藏的惨叫却无法帮他，只能忍耐。龙马躲在阿龙家中，逃避新撰组的追查，不过龟弥太被杀一事他一直很自责。阿龙的父亲因救攘夷派武士被捕，还在狱中丢了性命，所以阿龙讨厌攘夷派，也讨厌新撰组和萨摩人。与此同时，胜麟太郎被幕府老中招去，质问他为什么海军操练所的人会参加池田屋谋反，这改变了海军操练所以及龙马的命运。